Paaiškinta: mutavęs koronavirusas prieš testus, vakcinas

Naujos koronaviruso ir Covid-19 vakcinos ir testai: JK cirkuliuojantis koronaviruso variantas yra apibrėžiamas daugelio mutacijų. Kurie kelia ypatingą susirūpinimą? Kodėl PSO nurodė, kad ji gali išvengti kai kurių PGR tyrimų ir ar tai gali turėti įtakos vakcinacijai?

Pfizer-BioNTech Covid-19 vakcinos buteliukas Guy's ligoninėje Londone. Nors kai kuriose srityse virusas mutavo, dauguma vakcinų yra nukreiptos į kelias dalis. (AP nuotrauka: Frankas Augsteinas)

Pasirodžiusi informacijai apie JK cirkuliuojantį naują koronaviruso SARS-CoV-2 variantą, viena mutacija kėlė ypatingą susirūpinimą. Variantas, vadinamas VUI 202012/01 ir, kaip pranešama, galintis greičiau plisti tarp žmonių, yra apibrėžiamas net 14 mutacijų ir trijų trynimų jo genetinėje medžiagoje. Ypatingą susirūpinimą kelia viena mutacija N501Y. Nors varianto potencialas turėti įtakos bandymų ir vakcinacijos rezultatams vis dar tiriamas, sveikatos priežiūros institucijos iš esmės optimistiškai vertina, kad dauguma testų ir vakcinų vis tiek veiks.

Kas yra mutacija?

Mutacija reiškia genetinės medžiagos pakitimą. RNR viruse, pvz., SARS-CoV-2, baltymai yra sudaryti iš aminorūgščių sekos. Tokiame viruse yra apie 30 000 „bazinių porų“, kurios yra tarsi plytos, išdėstytos viena šalia kitos, kad sudarytų struktūrą. Šios bazės pokytis gali būti mutacija, veiksmingai pakeičianti viruso formą ir elgesį.

JK variante dėl vienos mutacijos virusas labiau linkęs prisijungti prie žmogaus baltymų, vadinamų receptoriais. Tai vadinama N501Y.

Kas yra N501Y?

Paprastais žodžiais tariant, aminorūgštis, pavaizduota raide N ir esanti 501 padėtyje koronaviruso genetinėje struktūroje, toje padėtyje buvo pakeista kita aminorūgštimi, pavaizduota Y. Padėtis, kurioje įvyko šis pakeitimas, yra smaigalio baltymo receptorius surišantis domenas. (Tai yra viruso smaigalio baltymas, kuris jungiasi su žmogaus receptoriumi.)

Todėl mutacija padidino koronaviruso surišimo afinitetą. Pranešama, kad mutavęs virusas sudaro 60% pastarųjų infekcijų Londone.

Remiantis Pasauline iniciatyva dėl dalijimosi paukščių gripo duomenimis (GISAID), keliose šalyse, įskaitant Pietų Afriką ir Australiją, nepriklausomai buvo pranešta apie tą pačią mutaciją receptorių surišimo srityje. Sekos analizė parodė, kad ši mutacija atsirado JK ir Pietų Afrikoje atskirai.

O kaip dėl kitų koronaviruso mutacijų?

Mutacijos yra dažnos, tačiau dauguma jų nekeičia jų koduojamų baltymų struktūros – jos vadinamos „sinoniminėmis“ mutacijomis, nes galiausiai virsta tomis pačiomis aminorūgštimis. Kitas tipas yra „nesinoniminė“ mutacija, dėl kurios gali pasikeisti aminorūgštys.

JK cirkuliuojančiame variante yra šeši sinoniminiai pakitimai ir keturiolika nesinoniminių mutacijų. Be to, yra trys „delecijos“ – aminorūgštys, pašalintos iš sekos.

Pasaulio sveikatos organizacijos (PSO) duomenimis, išskyrus N501Y, mutacijos, kurios gali turėti įtakos viruso perdavimui žmonėms, yra P681H ir HV 69/70.

O kas yra P681H ir HV 69/70?

P681H : Ši mutacija įvyko aminorūgštyje, esančioje 681 – kitoje receptorių surišimo domeno padėtyje. Čia aminorūgštis P buvo pakeista H. JAV ligų kontrolės centrai (CDC) teigė, kad tai vieta, kurioje koronavirusai yra labai įvairūs, ir ši specifinė mutacija taip pat atsirado spontaniškai daug kartų. PSO teigė, kad ši mutacija turi biologinę reikšmę.

Tyrėjai anksčiau įrodė, kad ši mutacija gali paskatinti patekimą į kvėpavimo epitelio ląsteles ir perdavimą gyvūnų modeliuose.

Naujausi mėginiai, sekvenuoti Afrikos infekcinių ligų genomikos kompetencijos centre, Redeemerio universitete, Nigerijoje, parodė P681H seką. Tačiau mokslininkai teigia, kad šiuo metu jie neturi įrodymų, rodančių, kad P681H variantas prisideda prie padidėjusio viruso perdavimo Nigerijoje.

HV 69/70 : Ši mutacija yra 69 ir 70 padėčių aminorūgščių delecijos rezultatas. Šios pozicijos vėl yra viruso smaigalio baltyme. Šis ištrynimas taip pat buvo pastebėtas Prancūzijoje ir Pietų Afrikoje. CDC sakė: ši dviguba ištrynimas įvyko spontaniškai daug kartų ir greičiausiai lemia smailės baltymo formos pasikeitimą (t. y. konformacinius pokyčius).

Tyrėjai COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK), kuris JK pažymėjo raudonąja vėliava naująjį variantą, vardu savo preliminarioje ataskaitoje teigė, kad šis ištrynimas taip pat buvo pastebėtas su audinėmis susijusiame protrūkyje Danijoje. Žmonėms šis ištrynimas buvo susijęs su kita mutacija N439K, kuri vėl atsirado receptorius surišančiame domene.

PSO pabrėžė, kad šis ištrynimas gali turėti įtakos kai kurių RT-PGR testų, kuriais aptinkamas naujasis koronavirusas, veikimui.

Kaip tai gali paveikti RT-PGR testus?

PSO teigė, kad delecija 69/70 padėtyse turi įtakos kai kurių diagnostinių PGR tyrimų, kuriuose naudojamas „S geno taikinys“ („S“ arba smaigalio baltyme), veikimui. Tačiau PSO taip pat teigė, kad daugelyje PGR tyrimų visame pasaulyje naudojami keli taikiniai, todėl varianto įtaka diagnostikai neturėtų būti reikšminga.

CDC taip pat teigė, kad dauguma komercinių PGR testų turi kelis taikinius, kuriuose jie aptinka virusą, todėl net jei mutacija paveiks vieną iš taikinių, kiti PGR taikiniai vis tiek veiks.

Tiesą sakant, naujosios padermės sukelta infekcija JK taip pat buvo aptikta įprastiniu RT-PGR tyrimu.

Laboratorijos, naudojantys vidinius PGR tyrimus, nukreiptus į viruso S geną, taip pat turėtų žinoti apie šią galimą problemą. PSO rekomendavo, kad siekiant apriboti poveikį aptikimo pajėgumams šalyse, taip pat rekomenduojama taikyti skirtingus tyrimus lygiagrečiuose arba kartotiniuose tyrimuose, skirtuose skirtingiems viruso genams.

Ar tai turės įtakos vakcinos kūrimui?

CDC teigė, kad JAV Maisto ir vaistų administracijos (FDA) patvirtintos vakcinos yra polikloninės, gaminančios antikūnus, nukreiptus prieš kelias smailių baltymų dalis.

Teigiama, kad virusas greičiausiai turės sukaupti daugybę mutacijų smaigalio baltyme, kad išvengtų imuniteto, kurį sukelia vakcinos arba natūrali infekcija.

Ir PSO sakė: Vykdomi laboratoriniai tyrimai, siekiant nustatyti, ar šie virusų variantai turi skirtingas biologines savybes, ar keičia vakcinos veiksmingumą. Šiuo metu nėra pakankamai informacijos, kad būtų galima nustatyti, ar šis variantas yra susijęs su kokiu nors klinikinės ligos sunkumo, antikūnų atsako ar vakcinos veiksmingumo pasikeitimu.

demi moore grynoji vertė

Dalykitės Su Savo Draugais: